Analiz Yöntemlerimiz Volbrain ve FreeSurfer
- Muhay Zin Turgay Şahin
- 1 gün önce
- 3 dakikada okunur
Volbrain Analiz Yöntemi
VolBrain, İspanya'daki Valencia Politeknik Üniversitesi'ne bağlı "Bilgisayarla Görü ve Görüntü İşleme" (VIS) araştırma grubu tarafından kurulmuştur.
İşte kuruluşunun ardındaki temel nedenler ve anahtar isimler:
Kim Kurdu?
Proje, Prof. Dr. José Vicente Manjón liderliğindeki ekip tarafından geliştirilmiştir. Prof. Manjón, beyin MR görüntülerinin otomatik işlenmesi ve analizi konusunda dünyaca tanınan bir araştırmacıdır. Ekip, nörogörüntüleme alanında birçok yenilikçi yazılım aracı geliştirmiştir.
Neden Kuruldu?
VolBrain'in kuruluş amacını birkaç ana başlıkta toplayabiliriz:
1. Bilimsel ve Klinik İhtiyacı Karşılama:
Erişilebilirlik Sorunu: 2010'lu yıllardan önce, beyin hacim analizi yapan yazılımlar (örneğin, FSL, FreeSurfer) çok karmaşıktı, kurulumu zordu ve yüksek hesaplama gücü gerektiriyordu. Bu da onları birçok küçük araştırma merkezi ve klinisyen için erişilemez kılıyordu.
Zaman ve Maliyet: Manuel veya yarı-otomatik hacim ölçümleri çok zaman alıcıydı ve uzman radyologlar gerektiriyordu. Bu da hem pahalı hem de ölçümler arasında tutarsızlıklara yol açabiliyordu.
2. Demokratikleştirme ve Eşitlik:
Ekip, bu teknolojiyi herkes için ücretsiz ve erişilebilir hale getirmeyi amaçladı. Hedef, dünyanın her yerindeki bir araştırmacının, hastanesinin veya üniversitesinin gelişmiş BT altyapısı olmasa bile, sadece bir internet bağlantısıyla bu hizmetten yararlanabilmesiydi.
Bu, özellikle kaynakları kısıtlı olan gelişmekte olan ülkelerdeki araştırmacılar için büyük bir fırsat yarattı.
3. Standartizasyonu Sağlama:
VolBrain, dünyanın dört bir yanındaki farklı merkezlerden gelen verileri aynı algoritma ile işleyerek, çalışmalar arasında karşılaştırılabilir ve standart sonuçlar üretilmesine olanak tanıdı. Bu, çok merkezli klinik araştırmalar için çok önemlidir.
4. Araştırmayı Hızlandırma:
Otomasyon ve hız sayesinde, araştırmacılar binlerce hastanın verisini hızlı bir şekilde analiz edebilir, böylece nörolojik hastalıkların doğal seyrini anlamak ve yeni tedavilerin etkinliğini değerlendirmek için büyük ölçekli çalışmalar yapılabilir hale gelmiştir.
Özetle:
VolBrain, Prof. José V. Manjón ve ekibi tarafından, gelişmiş beyin hacim analizini herkes için ücretsiz, hızlı ve kolay erişilebilir hale getirerek nörobilim ve nöroloji araştırmalarını demokratikleştirmek ve hızlandırmak amacıyla kurulmuştur. Bu "açık erişim" ve "hizmet olarak yazılım" modeli, onu dünya çapında binlerce kullanıcısı olan vazgeçilmez bir akademik kaynak haline getirmiştir.
FreeSurfer Analiz Yöntemi
FreeSurfer, Harvard Tıp Fakültesi'ne bağlı Martinos Biyotıp Mühendisliği Merkezi'nde (Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging) Dr. Bruce Fischl ve ekibi tarafından geliştirilmiştir.
Bruce Fischl, beyin görüntüleme ve nörogörüntüleme analizi alanında öncü bir isimdir. Kendisi halen Harvard'da profesör ve Massachusetts General Hospital'da araştırmacı olarak çalışmaya devam etmektedir.
Neden Kuruldu?
FreeSurfer'ın geliştirilme amacını şu şekilde özetleyebiliriz:
1. Bilimsel İhtiyaç - Beyin Yapısını Kantitatif Analiz
1990'larda MRI teknolojisi hızla gelişiyordu, ancak beyin yapılarını nicel (kantitatif) olarak ölçebilecek güvenilir yöntemler eksikti
Beyin korteksinin (beyin kabuğu) karmaşık yapısını analiz etmek için matematiksel modellere ihtiyaç vardı.
2. Görselleştirme ve Ölçümü Birleştirme
Geleneksel yöntemler ya sadece görselleştirme ya da sadece basit ölçümler yapabiliyordu
FreeSurfer, hem detaylı 3D yüzey modelleme hem de hacimsel ve yüzeyel ölçümleri bir arada sunmayı amaçladı.
3. Açık Kaynak Felsefesi
Tıpkı VolBrain gibi, FreeSurfer da açık kaynak kodlu olarak geliştirildi
Amacı: Tüm akademik dünyanın kullanımına ücretsiz sunmak ve şeffaf bir metodoloji sağlamak.
FreeSurfer'ın Getirdiği Yenilikler:
Kortikal yüzey rekonstrüksiyonu - Beyin kıvrımlarının haritalanması
Subkortikal yapı segmentasyonu - Derin beyin yapılarının ayrıştırılması
Yüzey tabanlı istatistikler - Gruplar arası karşılaştırmalar
Longitudinal analiz - Aynı hastada zaman içinde değişim takibi
FreeSurfer vs VolBrain:
Özetle:
FreeSurfer, Dr. Bruce Fischl ve ekibi tarafından, beyin MR görüntülerinden kortikal yapıların detaylı matematiksel modellenmesi ve kantitatif analizi için geliştirilmiş açık kaynaklı bir yazılım paketidir. VolBrain'den farklı olarak daha derinlemesine kortikal analiz sunar, ancak genellikle daha fazla teknik bilgi ve işlem süresi gerektirir.
Her iki araç da nörobilim araştırmalarını demokratikleştirmek ve standartlaştırmak amacıyla kurulmuştur, ancak farklı ihtiyaçlara ve kullanım senaryolarına hitap ederler.